针对自建房仅持有建房证书的合法性问题，可依据《中华人民共和国城市房地产管理法》的相关规定进行分析。
根据2019年修正的《中华人民共和国城市房地产管理法》第六十条：“国家实行土地使用权和房屋所有权登记发证制度。” 该条款明确房屋所有权需通过登记发证确认，建房证书仅为建设审批文件，不属于法定产权证明。自建房仅持有建房证书时，未完成产权登记，无法依据该条款获得合法的房屋所有权；若涉及转让，还需结合该法第三十八条第六项“未依法登记领取权属证书的房地产不得转让”的规定，此类自建房无法合法过户，进一步印证其产权不完整的法律状态。因此，仅持有建房证书的自建房不符合产权登记要求，无法确认合法所有权。
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自建房仅持有建房证书时，以下特殊情况会影响问题处理，需明确其影响：
1. 历史遗留问题导致无法补办产权证：部分建于上世纪90年代的农村自建房，建房证书合法但因当时政策不完善未办理产权证，现当地已停止为老旧房屋补办产权。此类情况下，房屋所有权无法通过登记确认，拆迁时需凭建房证书、土地使用证等材料协商补偿，补偿标准可能低于有产权证的房屋。
2. 集体土地上的自建房：若自建房建在集体土地上（如宅基地），仅持有建房证书但未办理不动产权证，根据《土地管理法》规定，集体土地上的房屋转让受限（仅能转让给本集体经济组织成员），且无法向非本村成员办理产权过户，即使持有建房证书，对外转让仍属无效。
3. 建房证书与土地使用权人不一致：例如，建房证书登记在甲名下，但土地使用权属于乙，此类情况下，因建房主体与土地使用权主体不符，无法补办产权证，房屋可能被认定为“非法占地建设”，面临整改或拆除风险。
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自建房仅持有建房证书而无产权证，无法完全确认房屋的合法产权，存在一定法律风险。
自建房仅持有建房证书而无产权证，无法完全确认房屋的合法产权，存在一定法律风险。

1. 若建房证书齐全且符合当地规划、土地政策：仅能证明房屋建设行为曾获审批，但未完成产权登记，无法确认房屋所有权归属，也无法进行合法交易、抵押等处分行为。
2. 若建房证书存在瑕疵（如审批手续不全、超面积建设）：房屋可能被认定为违法建筑，面临被拆除或限期整改的风险，且无法通过补办手续获得产权证。
3. 若当地政策允许补办产权证：需先核实建房证书与土地使用权证明的一致性，再按房管部门要求提交材料，完成产权登记后方能确认合法产权。
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自建房仅持有建房证书时，以下错误操作可能加剧法律风险，需特别注意：
1. 直接签订买卖合同转让房屋：仅持有建房证书的自建房无法办理产权过户，签订买卖合同后买方无法获得合法产权，卖方可能因“无权处分”被起诉，需承担退款或赔偿责任。
2. 忽视建房证书的时效性：部分地区的建房证书有有效期，超期后未办理建设验收可能被认定为违法建筑，若忽视时效未及时补办手续，房屋可能面临拆除风险。
3. 擅自改变房屋用途或加建：未取得产权证时擅自将自建房改为商业用途，或违规加建楼层，会进一步违反规划要求，导致无法补办产权证，甚至被责令恢复原状。

若您已出现类似错误操作，建议尽快咨询律师评估风险，制定补救方案。

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