员工非工伤假期间不主动辞职，用人单位需根据法律规定和实际情况处理。
1. 若员工非工伤假符合法定或公司规定的请假条件（如合法病假、事假已获批），且未出现严重违反公司规章制度的行为，用人单位不得单方强制解除劳动合同，需正常履行劳动关系至假期结束或员工提出辞职。
2. 若员工非工伤假属于无正当理由旷工（如未按规定提交请假申请、请假未获批擅自离岗），且旷工天数达到公司规章制度中“严重违纪”的标准，用人单位可依据《劳动合同法》第39条解除劳动合同，无需支付经济补偿。
3. 若员工非工伤假期间医疗期满（以病假为例），经劳动能力鉴定不能从事原工作也不能从事用人单位另行安排的工作，用人单位可提前30日书面通知或额外支付1个月工资后解除劳动合同，并依法支付经济补偿。
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员工非工伤假不主动辞职可能引发两类法律风险，需结合实例理解。
1. 违法解除劳动合同的赔偿风险：例如，某员工因突发疾病提交合法医疗证明申请非工伤病假1个月，用人单位因不满员工不主动辞职，在假期未结束时单方辞退。员工提起仲裁后，仲裁委认定用人单位违法解除，需支付2倍经济补偿的赔偿金（假设员工工作3年，月工资5000元，需支付30000元赔偿金）。
2. 旷工认定错误的举证风险：例如，员工因家中急事未及时提交事假申请，但事后补交了村委会证明，用人单位仍以“旷工”为由辞退。仲裁中因用人单位未举证证明“已告知员工补假无效”，被认定旷工不成立，需恢复劳动关系或支付赔偿金。
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员工非工伤假不主动辞职的处理中，存在以下特殊情况，会影响处理方向和结果。
1. 员工非工伤假期间处于“三期”（孕期、产期、哺乳期）：若女员工非工伤假（如孕期病假）且不主动辞职，即使医疗期满，用人单位也不得依据《劳动合同法》第40条解除劳动合同，需延续劳动关系至“三期”结束，否则构成违法解除。
2. 员工非工伤假属于“停工留薪期”以外的工伤恢复期：若员工曾因工伤治疗，但非工伤假属于工伤复发的恢复期（未纳入停工留薪期），用人单位需按病假标准支付工资，且不得随意解除劳动合同，需优先保障员工的医疗和就业权利。
3. 公司规章制度未公示或未告知员工：若公司关于“旷工认定标准”“请假流程”的制度未通过员工手册签收、内部培训等方式公示，即使员工非工伤假属于旷工，用人单位也无法依据制度辞退，需重新协商或修订制度后再处理。
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针对员工非工伤假不主动辞职的情况，需结合《劳动合同法》相关条款分析用人单位的处理依据。
《中华人民共和国劳动合同法》第39条规定：“劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：（二）严重违反用人单位的规章制度的；（三）严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的……” 若员工非工伤假属于无正当理由旷工且达到公司规章制度明确的“严重违纪”标准（如连续旷工3天以上），用人单位可据此解除劳动合同。同时，第40条规定：“有下列情形之一的，用人单位提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同：（一）劳动者患病或者非因工负伤，在规定的医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的……” 若员工非工伤病假医疗期满后无法胜任工作，用人单位可依法解除劳动合同并支付经济补偿。综上，员工非工伤假不主动辞职时，用人单位需根据请假的合法性、违纪情况及医疗期状况，适用对应法律条款处理。

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